卵は、砂の下に埋められる巣に置かれます。それは最低水位から浜辺に向かって１〜３メートルの範囲内で春の満潮範囲内にあります。
それぞれのメスのカブトガニは巣全体で最高約３６５０個の卵を産みます。
卵の成長速度は、主に温度や浜の巣の位置に従って変わります。受精した１４日後に孵化する準備が始まります。そして孵化するまでに卵は４回の脱皮を行います。

　孵化した未熟なカブトガニ幼生は「三葉虫型幼生」（trilobite larvae）と呼ばれます。この幼生は、様々な塩分濃度と温度に耐える非常に丈夫な動物です。
三葉虫型幼生は、食物となる卵黄嚢を持っています。それで、孵化の後に最初の脱皮をするまで、幼生は食べる必要がありません。
最初の脱皮の後は、幼生はおとなのカブトガニのミニチュアのようによく似ています。
最初の脱皮をした年に、カブトガニは脱皮を６回します。幼生は日中より夜のほうが４倍くらい活動的です。

脱皮・成長
　カブトガニは、キチン質で作られたかたい殻（から）つまり外骨格（がいこっかく）を持っています。成長するにしたがって、カブトガニはそれを脱がなくてはなりません。
　脱皮の最初は前体の下の接合線から始まります。そして古い殻の外へとゆっくり抜けていきます。
抜け出ると、新しいサイズに水を吸収しふくらみはじめます。
脱皮は難しく、危険な方法かもしれません。もしカブトガニが古い殻から脱皮から出現する前にふくらんで大きくなった時は、古い殻のすきまに入り込んで出られなくなってしまうからです。新しい殻（外骨格）は短い時間ですが柔らかいままです。この時に、カブトガニは外敵に無防備です。

　カブトガニの成長は階段的に行われます。その成長のそれぞれの段階では長い間、一定の大きさのままです。そして、脱皮の時にはその殻を脱いで、非常に短い時間にずっと大きくなります。
　幼生は、成体へと成長するために数時間を必要とするかもしれないところを数分で大きくなるために殻を脱ぎます。

　一生についてはカブトガニに脱皮の時に少しもかたい構造も残していないので、年齢を決定することが非常に難しい。
アメリカのカブトガニについての見積り寿命は、約１６年から長くて４０年というのもあります。

食物連鎖
　カブトガニは、線虫類、多毛類動物のワーム、柔らかい殻の時期のハマグリやイガイを食べます。カブトガニが幼いイガイやハマグリを食べてしまうので、漁師さんたちは、長い間、カブトガニから漁場を保護するためにできるかぎり殺すべき害虫とみなしていました。
　しかし本当に害虫なのでしょうか。
　カブトガニの卵と幼生はたくさんの海の動物のえさとなります。エビ・シャコ・カニ・ウナギ・キリフイッシュ・ニベ・マゴツキなどの魚などはその一部として知られています。

　カブトガニの卵は、食物となって数百万羽の移住する渡り鳥に高いエネルギーを提供します。これらの鳥の多くは、絶滅危惧種のリストにあります。
　これらの渡り鳥は、北へ移住し産卵する旅行を続けるためにカブトガニの卵をたらふく食います。シギの仲間・チドリの仲間はその中の一部です。これらの鳥のうちのいくつかが1日あたり最高９０００個の卵を食べることが確認されています。

　成体になったカブトガニには外敵はいないのでしょうか。アカウミガメの鋭く、強いあごは、成体のカブトガニのかたい殻をかみくだくのに全然問題はありません。プファフィシュという魚はカブトガニの柔らかいひだと足を食べます。また、ヒョウサメの胃の内容物から成体のカブトガニが見つかっています。
　カモメは攻撃し、倒した成体のカブトガニの柔らかい下側を食べます。