そして、帰郷し、医業を開きましが、思わしくなく、蘭学の知識を活かし、志を兵学に求めました大村さんは、１８５３年に宇和島藩に招かれ、また江戸で塾を開き、幕府の講武所で教授をするなど、転々としましたが、万延元年長州藩に召され、名倫館教授となりました。そして四境戦争の石州口を担当。その作戦ぶりから、”戦の神様”などと謳われ、対幕戦の開始と同時に登場した長州藩最高の軍師でありました。武器の充実にともなう洋式兵制の採用、大村さんの新知識を必要としたのでした。明治になると、兵部大輔となり、木戸孝允の協力者として、軍制改正に専念したが、この年、（明治２年）京都で反対派の襲撃を受け、（９月４日）この年の１１月５日、大阪で没しました。